En Brasil, el epicentro de la crisis del zika, las mujeres negras, indígenas y pobres viviendo en municipios de escasos recursos fueron desproporcionadamente afectadas. Las consecuencias generadas de la epidemia expusieron cómo los lentes interseccionales son centrales para entender el impacto de las emergencias de salud pública en las vidas de las mujeres y niñas. La demanda para que niños, niñas y mujeres afectadas por el zika participen de investigaciones es relevante para un análisis ético de los procedimientos de protección de los participantes durante una crisis. Investigamos cómo las mujeres experimentaron la participación en investigaciones mediante el análisis de sus narrativas. Se realizó un estudio cualitativo longitudinal que duró dos años en sitios brasileños ubicados en el epicentro de la epidemia utilizando métodos mixtos: etnografía con mujeres de dos estados diferentes y entrevistas individuales semiestructuradas con cinco mujeres en diferentes estados afectados con el zika, cuatro de las cuales eran lideresas comunitarias. Todas las mujeres del estudio eran madres o abuelas de niños y niñas afectados por el zika. Fue utilizado un análisis temático para la evaluación de los datos. Las mujeres percibieron ser presionadas a participar de investigaciones y una falta de distribución de beneficios. Se encontró que los determinantes estructurales de la desigualdad de género, como sus efectos en la distribución de poder, afectan la protección de los participantes en la investigación. Los procedimientos formales para la aprobación de protocolos de investigación fueron insuficientes para proteger a los participantes porque estos instrumentos no pudieron dar cuenta de los aspectos estructurales. La movilización comunitaria, a través de los grupos de WhatsApp, resultó ser un mecanismo importante para crear condiciones para desafiar las estructuras opresivas. El fortalecimiento de la salud pública, la participación efectiva de la comunidad en la planificación de la investigación y la implementación de estrategias éticas que promuevan la igualdad de género pueden tener un efecto transformador en las estructuras de poder desiguales y en promover la protección de los participantes.